Il corso affronterà le tecniche di analisi di dati piu diffuse, per le applicazioni più comuni della tecnologia di next generation sequencing.
In particolare si forniranno inizialmente le basi dei seguenti ambienti di programmazione:
- shell / bash
- python
- R e RStudio GUI
Successivamente si affronteranno, con l’ambiente di programmazione piu appropriato, le seguenti attività:
- recupero di dati da database biologici
- manipolazione di dati e conversioni di formato
- API specifiche e REST APIs
- analisi di targeted sequencing (germline e somatiche)
- analisi di RNAseq
- analisi di ChipSeq
- compilazione di report riproducibili e parametrici
- basi di visualizzazione dei dati
- Teacher: FRANCESCO LESCAI